Skripsi

Studi In Silico Senyawa Aktif Kecombrang (Etlingera Elatior) sebagai Agonis G Protein-coupled Estrogen Receptor (GPER) pada Diabetes Melitus Tipe 2.

Latar Belakang Diabetes melitus (DM) merupakan salah satu penyakit yang menjadi masalah global. Pada populasi dewasa di Indonesia usia 20–79 tahun memiliki prevalensi 10,6% atau 1 dari 9 orang dewasa. Pada DM tipe 2, gangguan sekresi atau aksi insulin menimbulkan hiperglikemia kronik. Literatur terkini menempatkan G protein-coupled estrogen receptor (GPER) sebagai future target terapi karena perannya dalam peningkatan sekresi dan sensitivitas insulin. Kecombrang (Etlingera elatior) kaya senyawa bioaktif (flavonoid/terpenoid) dengan indikasi aktivitas antihiperglikemik, tetapi interaksi spesifik senyawa kuncinya terhadap GPER belum dipetakan secara komprehensif. Metode Penelitian ini dilakukan menggunakan perangkat lunak DataWarrior untuk prediksi nilai EC₅₀ dan Molegro Virtual Docker (MVD) untuk simulasi molecular docking. Validasi metode dilakukan dengan redocking ligan native Lys05 terhadap protein GPER (PDB ID: 8XOF) dengan nilai RMSD < 2 Å sebagai syarat akurasi. Selanjutnya, enam senyawa aktif kecombrang (Guaiol, Luteolin, Coronarin E, Nerolidol, Thujone, dan cis-Thujanol) diuji interaksinya terhadap GPER. Hasil Seluruh senyawa uji menunjukkan nilai Rerank Score negatif yang menandakan interaksi spontan dengan GPER. Tiga senyawa dengan afinitas tertinggi adalah Coronarin E (–717,268), Luteolin (–667,123), dan Nerolidol (–648,023). Coronarin E menunjukkan nilai afinitas paling mendekati ligan native Lys05 (–736,916), sehingga berpotensi kuat sebagai agonis GPER. Kesimpulan Studi ini menunjukkan bahwa senyawa aktif dalam kecombrang, khususnya Coronarin E, berpotensi sebagai agonis GPER dan kandidat terapi alternatif diabetes melitus tipe 2 melalui peningkatan sekresi dan sensitivitas insulin.
Kata Kunci: Agonis GPER, In silico, Etlingera elatior, Diabetes Melitus Tipe 2, Molecular Docking, EC₅₀.


Introduction Diabetes mellitus (DM) is a global health issue. In Indonesia, the adult population aged 20–79 years has a prevalence of 10.6%, equivalent to approximately 1 in 9 adults. In type 2 DM, impaired insulin secretion or action leads to chronic hyperglycemia. Recent literature identifies the G protein-coupled estrogen receptor (GPER) as a future therapeutic target due to its role in enhancing insulin secretion and sensitivity. Kecombrang (Etlingera elatior) is rich in bioactive compounds (flavonoids/terpenoids) with reported antihyperglycemic activity, but the specific interaction of its key compounds with GPER has not yet been comprehensively mapped. Method This study was conducted in silico using DataWarrior software for EC₅₀ value prediction and Molegro Virtual Docker (MVD) for molecular docking simulations. Method validation was performed by redocking the native ligand Lys05 against the GPER protein (PDB ID: 8XOF), with RMSD < 2 Å as the accuracy criterion. Subsequently, six active compounds from kecombrang (Guaiol, Luteolin, Coronarin E, Nerolidol, Thujone, and cis-Thujanol) were tested for their interaction with GPER. Results All tested compounds exhibited negative Rerank Scores, indicating spontaneous interaction with GPER. The three compounds with the highest affinity were Coronarin E (–717.268), Luteolin (–667.123), and Nerolidol (–648.023). Coronarin E showed the affinity value most comparable to the native ligand Lys05 (–736.916), suggesting strong potential as a GPER agonist. Conclusion This study demonstrates that the active compounds in kecombrang, particularly Coronarin E, have potential as GPER agonists and as alternative therapeutic candidates for type 2 diabetes mellitus through mechanisms of enhancing insulin secretion and sensitivity.
Keywords: GPER agonist, In silico, Etlingera elatior, Type 2 Diabetes Mellitus, Molecular Docking, EC₅₀.