Tesis

Komposisi dan Diversitas Mikrobiota Usus pada Pasien Tuberkulosis Intestinal di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo: Sebuah Studi Pendahuluan = Composition and Diversity of Gut Microbiome of Intestinal Tuberculosis Patients in RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo: A Preliminary Study.

Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri Mycobacterium tuberculosis. Selain di paru, TB juga dapat menimbulkan manifestasi ekstrapulmonal, salah satunya adalah tuberkulosis intestinal (TBI). TBI masih menjadi masalah di Indonesia karena rumitnya diagnosis dan jumlah kasus yang terus meningkat. Salah satu faktor yang meningkatkan kerentanan seseorang untuk terkena serta progresi penyakit TBI adalah terjadinya disbiosis. Disbiosis adalah kondisi terjadinya pergeseran komposisi dan perubahan diversitas (keragaman) mikrobiota pada tubuh. Data tentang komposisi dan diversitas mikrobiota usus pada pasien TBI masih sangat terbatas secara global. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi mikrobiota usus pada subjek dengan TBI dan diversitasnya. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi komposisi mikrobiota usus dari sepuluh subjek dengan TBI serta kalkulasi diversitasnya menggunakan metode whole genome sequencing (WGS). Pemeriksaan dilakukan terhadap sampel ekstrak DNA yang berasal dari feses subjek dengan TBI di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo. Hasil pemeriksaan menunjukkan pergeseran komposisi mikrobiota usus berupa peningkatan abundansi filum Proteobacteria dan kelas Lachnospirales, serta penurunan abundansi kelas Bacteroidales, genus Prevotella dan Ruminococcus dibandingkan subjek sehat. Penelitian ini juga mendapati diversitas alfa mikrobiota usus subjek TBI lebih tinggi dibandingkan subjek sehat. Penelitian ini merupakan penelitian pertama di Indonesia yang memeriksa komposisi dan diversitas mikrobiota usus di Indonesia menggunakan metode WGS. Hasil penelitian ini dapat dijadikan dasar penelitian berikutnya untuk mendukung pemberian produk probiotik atau prebiotik dalam tatalaksana TBI.
Kata kunci: Tuberkulosis, disbiosis, whole genome sequencing, abundansi, mikroorganisme


Tuberculosis (TB) is a disease caused by Mycobacterium tuberculosis infection. Aside from mainly infecting the lungs, TB may also cause an extrapulmonary clinical manifestations, one of them being intestinal tuberculosis (ITB). ITB is still a health problem in Indonesia due to strenuous diagnosis and soaring number of cases. One of the factors that increase the likelihood to someone to have ITB is dysbiosis, which is defined as a condition where shifting occurs in terms of composition and diversity of microbiome in the human body. Data regarding the composition and diversity of gut microbiome is lacking globally. This study aims to identify the composition and evaluate the diversity of the gut microbiome of subjects with ITB using whole genome sequencing (WGS) method. The study conducted using DNA extract samples derived from the stool of ten subjects with confirmed ITB. The results displayed a shifting of gut microbiome composition in subjects with ITB. There are increased abundancies of Proteobacteria phylum, and class of Lachnospirales in the gut microbiomr of subjects with ITB. In the other hand, the study also showed decreased abundance of the class Bacteroidales and the genera Prevotella and Ruminococcus compared to healthy subjects. The study also showed that there is an increased alpha diversity in the gut microbiome of subjects with ITB compared to those in healthy subjects. This is the forst study to identify the composition and diversity of gut microbiome in subjects with ITB in Indonesia using WGS method. The findings of this study has the potential to be a foundation for upcoming research regarding the administration of prebiotic and probiotic products in ITB management.
Key words: Tuberculosis, dysbiosis, whole genome sequencing, abundance, microorganism