Tesis

Identifikasi Spesifik Candida auris Menggunakan Primer ITS_Cau_R dan Uji Kepekaannya terhadap Obat Antijamur = Specific Identification of Candida auris Using ITS_Cau_R Primer and Its Susceptibility to Antifungal Drugs.

Latar belakang: Candida auris merupakan jamur yang menjadi ancaman kesehatan global karena kemampuannya menyebar dengan cepat di fasilitas kesehatan, sulit diidentifikasi dengan metode konvensional, dan resistensinya terhadap berbagai obat antijamur (OAJ). Data C.auris di Indonesia masih terbatas, sehingga penelitian ini dilakukan untuk mengetahui metode diagnostik yang tepat dan profil resistensi jamur untuk mengantisipasi potensi penyebaran, sekaligus mendukung tata laksana yang tepat. Metode: Penelitian berdesain potong lintang ini dilakukan terhadap 193 isolat Candida dari bahan klinis pasien yang menjadi koleksi kultur jamur Laboratorium Parasitologi Klinik FKUI. Identifikasi spesies dan clade C.auris menggunakan PCR konvensional dengan primer universal ITS1 - ITS4, dilanjutkan dengan PCR spesifik alel (AS-PCR) menggunakan primer spesifik ITS_Cau_R dan clade. Analisis sekuens wilayah ITS dan filogenetik dilakukan untuk menentukan clade isolat yang teridentifikasi. Identifikasi clade berdasarkan AS-PCR menggunakan primer forward dan reverse RHA1_CauCIII/V untuk membedakan antara clade I dan III. Uji kepekaan satu isolat jamur C. auris terhadap amfoterisin B dan mikafungin dilakukan menggunakan MIC Test Strip Liofilchem®. Hasil: Satu isolat (001-ST) teridentifikasi sebagai C.auris berdasarkan hasil PCR spesifik dan konfirmasi sekuens ITS. Analisis AS-PCR menunjukkan bahwa isolat tersebut tergolong ke dalam Clade I (Asia Selatan). Isolat tersebut sensitif terhadap amfoterisin B dengan nilai MIC 0,38–0,50 µg/ml, namun resisten terhadap mikafungin. Kesimpulan: Candida auris berhasil diidentifikasi dalam penelitian ini menggunakan PCR dengan primer spesifik ITS_Cau_R. Isolat tersebut tergolong ke dalam Clade I (Asia Selatan) dan menunjukkan hasil uji kepekaan sensitif terhadap amfoterisin B, tetapi resisten terhadap mikafungin.
Kata kunci : Candida auris, ITS_Cau_R, uji kepekaan


Background: Candida auris is an emerging fungus that poses a global health threat due to its ability to spread rapidly in health facilities. It is difficult to identify using conventional methods and also resistant to antifungal agents. Data on C. auris in Indonesia are still limited; therefore, this study was conducted to determine an adequate diagnostic method and antifungal susceptibility profile to anticipate potential spread and ensure sufficient management. Methods: This cross-sectional study was conducted on 193 Candida isolates from clinical materials, part of the fungal culture collection of the Clinical Parasitology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Identification of C. auris species and clades was carried out using conventional PCR with universal primers ITS1 -ITS4, followed by allele-specific PCR (AS-PCR) with specific primers ITS_Cau_R and clade. The ITS region sequence and phylogenetic analysis were performed to determine the clade. Identification of clades based on AS-PCR using forward and reverse primers RHA1_CauCIII/V to differentiate between clade I and III. Antifungal susceptibility testing of one C. auris isolate against amphotericin B and micafungin was performed using MIC Test Strip Liofilchem®. Results: One isolate (001-ST) was identified as C.auris based on specific PCR results and ITS sequence confirmation. The AS-PCR analysis showed that the isolate belonged to clade I (South Asia). The isolate was sensitive to amphotericin B with a MIC value of 0.38–0.50 µg/ml, but resistant to micafungin. Conclusion: Candida auris was identified in this study by PCR test using ITS_Cau_R, specific primer for C. auris. The isolate belonged to Clade I (South Asia) and sensitive to amphotericin B, but resistant to micafungin.
Keywords: Candida auris, ITS_Cau_R, susceptibility study