Tesis

Analisis Mikrobiom pada Lesi Kulit Remaja dengan Akne Vulgaris = Microbiome analysis of skin lesions in adolescents with acne vulgaris.

Latar Belakang Akne vulgaris (AV) merupakan salah satu gangguan kulit yang paling umum dialami oleh remaja, ditandai dengan lesi non-inflamasi (komedo) dan inflamasi (pustula, papul, nodul). Keseimbangan mikrobiom kulit diketahui memainkan peran penting dalam patogenesis akne. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil mikrobiom dan mengevaluasi potensi fungsi biologis prediktif mikrobiom pada lesi akne dibandingkan dengan kulit sehat. Metode Sampel lesi dikumpulkan dari remaja dengan AV, sedangkan data mikrobiom kulit sehat diperoleh dari studi sebelumnya. Analisis metagenomik dilakukan menggunakan sekuensing 16S rRNA, dilanjutkan dengan analisis taksonomi dan diversitas (QIIME2), serta prediksi fungsi metabolik mikroba menggunakan PICRUSt2. Hasil Lesi akne menunjukkan peningkatan kelimpahan relatif Staphylococcus, Corynebacterium, dan Peptoniphilus_A, serta variasi antar subjek yang lebih tinggi. Sebaliknya, kulit sehat menunjukkan komunitas mikroba yang lebih beragam, stabil, dan didominasi oleh Actinomycetota dan Cutibacterium. Sebanyak 391 jalur metabolik berhasil diprediksi, dengan 163 jalur menunjukkan perbedaan signifikan (FDR < 0,05; p < 0,05; |logFC| > 1). Hanya 3 jalur lebih dominan pada lesi, sementara 160 jalur lebih melimpah pada kulit sehat. Aktivitas enzim seperti lipase meningkat pada lesi akne sedangkan hyaluronat lyase meningkat pada kulit sehat. Kesimpulan Lesi akne terkait dengan disbiosis mikroba, ditandai oleh penurunan diversitas dan perubahan fungsi metabolik, sedangkan kulit sehat memiliki komunitas yang lebih seimbang dan stabil.
Kata Kunci: Disbiosis, inflamasi, metagenomik, folikel


Introduction Acne vulgaris (AV) is a prevalent skin condition among adolescents, characterized by non-inflammatory lesions (comedones) and inflammatory lesions (pustules, papules, nodules). The skin microbiome plays a critical role in acne pathogenesis. This study aimed to analyze the skin microbiome profile and evaluate the predictive functional potential of microbial communities in acne lesions compared to healthy skin. Method Lesion samples were collected from adolescents with AV, while healthy skin microbiome data were obtained from a previous study. Metagenomic profiling was conducted using 16S rRNA sequencing. Taxonomic classification and diversity analysis were performed using QIIME2, and predictive functional profiling was carried out using PICRUSt2. Results Acne lesions exhibited increased relative abundances of Staphylococcus, Corynebacterium, and Peptoniphilus_A, with greater inter-individual variability. In contrast, healthy skin showed a more diverse, stable microbial community, dominated by Actinomycetota and Cutibacterium. Functional predictions revealed distinct differences in metabolic pathways between groups. A total of 391 metabolic pathways were predicted, of which 163 showed significant differences (FDR < 0.05, p < 0.05, |logFC| > 1). Only 3 pathways were more abundant in lesions, while 160 were enriched in healthy skin. Enzymatic activity such as lipase is elevated in acne lesions, while hyaluronate lyase activity is higher in healthy skin. Conclusion Acne lesions are associated with microbial dysbiosis, marked by reduced diversity and altered metabolic function. In contrast, healthy skin harbors a more balanced and functionally stable microbiome, potentially protective against inflammation and acne development.
Keywords: dysbiosis, inflammation, follicle, metagenomics