Tesis

Analisis Profil Metilasi DNA sebagai Metode Diagnostik Pelengkap pada Kasus Tumor Sistem Saraf Pusat di RSCM : Sebuah Pilot Study pada Populasi Indonesia = DNA Methylation Profile Analysis as a Complementary Diagnostic Method in Central Nervous System Tumor Cases at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM): A Pilot Study in the Indonesian Population.

Pendahuluan: Diagnosis tumor sistem saraf pusat (SSP) secara akurat sangat penting dalam menentukan tatalaksana dan prognosis pasien. Namun, keterbatasan diagnosis histopatologis konvensional dan variasi antar-pengamat menimbulkan tantangan, khususnya pada kasus yang kompleks dan tidak khas. Profil metilasi DNA telah muncul sebagai metode diagnostik alternatif yang mampu mengklasifikasikan tumor SSP secara presisi, terutama pada kasus yang sulit ditentukan dengan metode konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi analisis metilasi DNA sebagai metode diagnostik pelengkap pada populasi pasien tumor SSP di Indonesia. Metode: Studi ini merupakan penelitian deskriptif cross-sectional dengan menggunakan 13 sampel tumor SSP dari pasien yang menjalani operasi di RSCM. Sampel jaringan segar dianalisis menggunakan metode nanopore sequencing. Data metilasi dianalisis menggunakan platform bioinformatika NanoDX yang mengacu pada Heidelberg Brain Tumor Classifier, dengan cut-off confidence score >0,2 untuk klasifikasi. Hasil klasifikasi kemudian dibandingkan dengan diagnosis histopatologi konvensional (PA/IHK) dan dikategorikan menjadi konfirmasi diagnosis, penentuan diagnosis baru, penyempurnaan diagnosis molekuler, atau tidak dapat diklasifikasi. Hasil: Mayoritas pasien berusia < 60 tahun (92,31%) dan berjenis kelamin laki-laki (53,85%). Tumor paling banyak ditemukan di regio supratentorial (76,92%) dan berukuran > 13 cc (84,62%). Tiga dari 13 kasus (23,07%) menunjukkan kesesuaian diagnosis antara hasil metilasi DNA dan histopatologi. Empat kasus (30,77%) mengalami penyempurnaan diagnosis secara molekuler, dua kasus (15,38%) mengalami perubahan diagnosis yang mempengaruhi tatalaksana, dan tiga kasus (23,07%) tidak dapat diklasifikasikan (confidence score < 0,2). Hasil ini menunjukkan bahwa analisis metilasi DNA mampu memberikan nilai tambah diagnostik yang signifikan, khususnya pada kasus-kasus yang tidak dapat diklasifikasi secara konvensional. Kesimpulan: Analisis profil metilasi DNA menggunakan nanopore sequencing terbukti memberikan kontribusi penting dalam klasifikasi dan penegakan diagnosis tumor SSP di Indonesia, baik sebagai konfirmasi, penyempurnaan, maupun pengubah diagnosis. Metode ini memiliki potensi untuk diintegrasikan sebagai alat diagnostik pelengkap dalam praktik klinis, khususnya pada kasus SSP yang sulit ditentukan secara histopatologis.
Kata kunci: metilasi DNA, tumor sistem saraf pusat, diagnosis molekuler, nanopore, klasifikasi tumor


Introduction: Accurate diagnosis of central nervous system (CNS) tumors is crucial for determining patient management and prognosis. However, limitations of conventional histopathological diagnosis and inter-observer variation pose challenges, particularly in complex and atypical cases. DNA methylation profiling has emerged as an alternative diagnostic method capable of classifying CNS tumors precisely, especially in difficult cases using conventional methods. This study aims to evaluate the potential of DNA methylation analysis as a complementary diagnostic method in the CNS tumor patient population in Indonesia. Methods: This is a descriptive cross-sectional study using 13 CNS tumor samples from patients undergoing surgery at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM). Fresh tissue samples were analyzed using nanopore sequencing method. Methylation data were analyzed using the NanoDX bioinformatics platform based on the Heidelberg Brain Tumor Classifier, with a cut-off confidence score of >0.2 for classification. The classification results were then compared with conventional histopathology (PA/IHK) and categorized as confirming diagnosis, establishing new diagnosis, molecular refinement, or unclassifiable. Results: The majority of patients were aged