Tesis

Analisis 16s rRNA Mikrobiota Usus Pada Bayi dengan Atresia Bilier Dibandingkan dengan Kolestasis Non-Atresia Bilier dan Bayi Sehat = 16s rRNA Analysis of Gut Microbiota in Infants with Biliary Atresia Compared with Non-Biliary Atresia Cholestasis and Healthy Infants.

Mikrobiota usus telah banyak dikaitkan dengan berbagai penyakit hati, salah satunya kolestasis. Kolestasis terdiri dari dua jenis yakni obstruktif dan hepatik. Kolestasis obstruktif disebabkan oleh atresia bilier, yakni kerusakan pada saluran empedu. Kolestasis hepatik disebabkan oleh disfungsi hati dalam memproduksi empedu akibat infeksi, kelain genetik, dan berbagai etiologi lainnya. Reduksi empedu yang menuju usus akibat kolestasis, baik atresia bilier maupun non-atresia bilier, dapat menganggu ekosistem mikrobiota usus sehingga menyebabkan disbiosis. Penelitian ini bertujuan untuk melihat perbedaan komposisi mikrobiota usus pada bayi bayi atresia bilier dan kolestasis non-atresia bilier dibandingkan dengan bayi sehat. Analisis sekuensing dilakukan menggunakan primer 16s rRNA. Analisis indeks Shannon dan Pielou menunjukkan adanya perbedaan keanekaragaman pada kelompok atresia bilier dan sehat (p=0.002 dan p=0.03). Kelompok sehat didominasi oleh filum Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidota dengan genus yang paling dominan adalah Bacteroides, Veillonella, dan Escherichia-Shigella. Kelompok atresia bilier mengalami disbiosis yang ditandai dengan dominasi berlebihan filum Bacteroides (p=0.015) dan Proteobacteria, dengan genus dominan Bacteroides, Collinsella, Acinetobacteria (p < 0.05). Proteobacteria sangat mendominasi pada kelompok kolestasis non-AB dengan genus dominan Klebsiella, Chryseobacterium, Pseudomonas, Dialister, dan Anaerococcus (p=0.021). Kelompok sehat memiliki variasi genus penghasil asam lemak rantai pendek terbanyak, namun genus Bacteroides, Enterococcus, dan Prevotella ditemukan dalam proporsi yang lebih berlimpah pada kelompok kolestasis. Studi lebih lanjut diperlukan untuk menganalisis kadar asam lemak rantai pendek dan korelasinya dengan genus yang terdeteksi.
Kata kunci: Asam lemak rantai pendek, atresia bilier, kolestasis, mikrobiota usus, sekuensing 16S rRNA.


Gut microbiota has been widely associated with various liver diseases, including cholestasis. Cholestasis is characterized by obstructive and hepatic cholestasis. Obstructive cholestasis is caused by biliary atresia, obstruction of the bile duct. Hepatic cholestasis is caused by liver dysfunction in producing bile due to infection, genetic disorders, and other etiologies. Reduction of bile flow and concentration to the intestine due to cholestasis, both biliary atresia and non-biliary atresia, can disrupt the intestinal microbiota ecosystem, causing dysbiosis. This study aims to analyze the differences in intestinal microbiota composition in healthy infants with biliary atresia and non-biliary atresia cholestasis infants. Sequencing analysis was performed using 16s rRNA primers. Shannon and Pielou index analysis showed differences in diversity in the biliary atresia and healthy groups (p = 0.002 and p = 0.03). The healthy group was dominated by the phyla Firmicutes, Proteobacteria, and Bacteroidota, with the most dominant genera being Bacteroides, Veillonella, and Escherichia-Shigella. The biliary atresia group experienced dysbiosis characterized by over-enrichment of Bacteroides (p = 0.015) and Proteobacteria, with the dominant genera Bacteroides, Collinsella, and Acinetobacteria (p < 0.05). Proteobacteria were extremely dominant in the non-AB cholestasis group (p=0.021), with the dominant genera Klebsiella, Chryseobacterium, Pseudomonas, Dialister, and Anaerococcus (p < 0.05). The healthy group had the largest variation of short-chain fatty acid-producing genera. However, the cholestasis group found Bacteroides, Enterococcus, and Prevotella in higher proportions. Further studies are needed to analyze the levels of short-chain fatty acids and their correlation with the detected genera.
Keywords: Biliary Atresia, Cholestasis, Gut Microbiota, Sekuensing 16S rRNA, Short-Chain Fatty Acids