Tesis

Analisis Protein Kapsid Human Rhinovirus Yang Dideteksi Pada Pasien Infeksi Saluran Pernafasan Akut di Jakarta, Indonesia Pada Tahun 2023 = Analysis ofHuman Rhinovirus Capsid Proteins Detected in Patients with Acute Respiratory Infection in Jakarta, Indonesia in 2023.

Human Rhinovirus (HRV) merupakan virus paling umum penyebab ISPA yang bersifat sedang dan dapat sembuh sendiri. Namun pada anak-anak, individu dengan sistem kekebalan tubuh yang lemah atau pasien dengan gangguan pernafasan kronis, virus ini dapat menyebabkan infeksi pada saluran pernafasan bagian atas dan bawah. HRV diklasifikasikan berdasarkan perbedaan urutan nukleotida pada protein VP4/VP2 dan VP1 menjadi 3 jenis, yaitu HRV-A, HRV-B dan HRV-C. Sampai saat ini di Indonesia belum ada studi molekuler mengenai HRV secara genom yang dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis gen pengkode kapsid HRV dari sampel biologis tersimpan yang dideteksi pada pasien ISPA di Jakarta pada tahun 2023. Sampel DNA diekstraksi kemudian dilakukan reverse transcription dan diamplifikasi menggunakan 4 (empat) pasang primer yang saling overlapping sehingga didapatkan sekuen lengkap gen pengkode kapsid HRV. Sekuen ini kemudian dianalisis lebih lanjut untuk menentukan genotipe, filogenetik, variasi nukleotida, variasi asam amino dan penambatan molekuler menggunakan BLAST pada website NCBI, Mega11, SWISS-MODEL, website PDB, website Prankweb, HADDOCK dan Prodigy. Sampel dikonfirmasi sebagai HRV-A dan berkorelasi erat dengan HRV-A60 Fukushima OR4-2-2020 (nomor aksesi LC699422.1 ). Terdapat 3 (tiga) perbedaan asam amino pada protein VP2, 5 (lima) perbedaan asam amino pada protein VP3, dan 13 (tiga belas) perbedaan asam amino pada protein VP1. Perubahan asam amino pada protein VP1 sampel dapat menyebabkan virus menjadi lebih mudah berikatan dengan reseptor sehingga virus dapat semakin banyak menginfeksi manusia.
Kata kunci : Rhinovirus, Genotipe, HRV, Indonesia


Human Rhinovirus (HRV) is the most common virus that causes moderate and selflimiting acute respiratory infections (ARI). However, in children, individuals with weakened immune systems or patients with chronic respiratory disorders, this virus can cause infections in the upper and lower respiratory tract. HRV is classified based on nucleotide sequence differences in VP4/VP2 and VP1 proteins into 3 types, namely HRV-A, HRV-B and HRV-C. To date, no molecular genomic studies on HRV have been reported in Indonesia. This study aims to analyze the HRV capsid coding gene from stored biological samples detected in ARI patients in Jakarta in 2023. DNA samples were extracted, followed by reverse transcription and amplification using 4 overlapping primer pairs, yielding complete sequences of structural genes and most non-structural genes of HRV. These sequences were further analyzed to determine genotypes, phylogenetic relationships, nucleotide and amino acid variations, and molecular docking using BLAST on the NCBI website, Mega11, SWISS-MODEL, Protein Data Bank website, Prankweb website, HADDOCK and Prodigy. The sample was confirmed as HRV-A and closely correlated with HRV-A60 Fukushima OR4-2-2020 (accession number LC699422.1). Three amino acid variations were identified in the VP2 protein, five in the VP3 protein, and thirteen in the VP1 protein. Amino acids changes in the sample’s VP1 protein can cause the virus to bind more easily to the receptor so that the virus can infect more humans.
Keywords: Rhinovirus, Genotype, HRV, Indonesia