Tesis

Pengaruh Variant of Concern SARS-CoV-2 terhadap Derajat Keparahan Penyakit dan Mortalitas Pasien Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) di Jakarta pada Masa Puncak Pandemi COVID-19 Tahun 2021 = Association Between SARS-COV-2 Variant of Concern with COVID- 19 Severity and Mortality in Jakarta, Indonesia.

Pendahuluan: Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) merupakan kondisi emergensi global yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-COV-2) yang merupakan virus RNA yang terus menerus mengalami mutasi dan menghasilkan berbagai varian baru. Variants of concern (VOC) SARS-COV-2 memiliki kemampuan transmisi lebih tinggi dan berisiko menyebabkan infeksi yang lebih berat. Hingga saat ini di Indonesia belum ada penelitian pengaruh varian SARS-COV-2 terhadap derajat keparahan penyakit dan mortalitas. Tujuan: Mengetahui pengaruh varian SARS-COV-2 terhadap derajat keparahan penyakit dan mortalitas pada COVID-19 di Jakarta, Indonesia. Metode: Penelitian ini merupakan penelian kohort retrospektif dengan menganalisis data surveilans epidemiologi Dinas Kesehatan Jakarta tahun 2021. Analisis statistik dilakukan dengan IBM SPSS versi 25. Analisis bivariat dilakukan dengan t-test atau Mann-whitneyUuntuk variabel numerik dan Pearson chi square atau Fisher’s Exact Test untuk variabel kategorik. Analisis multivariat dilakukan dengan regresi logistik. Hasil: Proporsi varian SARS-COV-2 terbanyak di Jakarta pada tahun 2021 adalah varian delta (66,9%), non-VOC/VOI (22%), dan varian omicron (8,2%). Dibandingkan dengan VOC/VOI, varian delta berhubungan dengan risiko COVID-19 sedang-berat lebih tinggi dan varian omicron dikaitkan dengan risiko COVID-19 sedang berat lebih rendah, meskipun hasil tidak bermakna secara statistik. Varian SARS-COV-2 delta meningkatkan risiko COVID-19 sedang berat dibandingkan dengan varian omicron (aOR 3,024, 95% IK 1,339-6,831 ). Infeksi oleh varian delta meningkatkan risiko mortalitas dibandingkan varian omicron, tetapi belum dapat dibuktikan secara statistik. Kesimpulan: Proporsi varian SARS-COV-2 terbanyak di Jakarta pada masa puncak pandemi COVID-19 tahun 2021 adalah varian delta, varian non-VOC/VOI, dan varian omicron. Varian delta meningkatkan risiko COVID-19 derajat sedang-berat dibandingkan dengan varian omicron. Pengaruh varian delta dan omicron terhadap derajat keparahan dan mortalitas dibandingkan non-VOC/VOI pada penelitian ini belum dapat dibuktikan secara statistik.
Kata kunci: COVID-19, varian SARS-COV-2, derajat keparahan, mortalitas


Introduction: Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) was global emergency caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-COV-2). SARS-COV-2 is RNA virus with capability of acquiring mutations resulting in new variants. SARS-COV- 2 variant of concern (VOC) is associated with increased transmissibility and more severe manifestation. In Indonesia until recently there was no publication regarding association of SARS-COV-2 variants with disease severity and mortality. Objective: Evaluate association between SARS-COV-2 variants with COVID-19 severity and mortality in Jakarta. Methods: This cohort retrospective study analyzed Jakarta Health Agency’s COVID-19 epidemiological surveillance registry. Statistical analysis was performed using IBM SPSS ver. 25. Bivariate analysis was done using t-test or Mann-whitney-U and Pearson chi square or Fisher’s Exact Test for numerical and categorical variables, respectively. Multivariate analysis was done using logistic regression. Results: The most frequent SARS-COV-2 variants found in Jakarta in 2021 were delta (66.9%), non-VOC/VOI (22%), and omicron (8.2%). Infection with delta variant increased risk of moderate-severe COVID-19 and infection with omicron variant decreased risk of moderate-severe COVID-19 compared with infection with nonVOC/VOI, although the results were not statistically significant. Delta variant increased risk of moderate-severe manifestation compared with omicron variant (aOR 3,024, 95% CI 1,339-6,831). Multivariate analysis showed delta variant increased risk of mortality compared with omicron variant, but the result was not statistically significant. Conclusions: The most frequent SARS-COV-2 variants in 2021 were delta variant, omicron, and non-VOC/VOI. Delta variant infection is associated with increasing risk of moderate-severe COVID-19, compared with omicron variant. Association between delta and omicron variant with disease severity and mortality compared with non-VOC/VOI could not be proven statistically in this study.
Keywords: COVID-19, SARS-COV-2 variant, severity, mortality