Tesis

Karakterisasi Gen Pengkode Protein Struktural dan NonStruktural Human ocavirus ada Anak dengan Infeksi Saluran Pernapasan Akut Jakarta = Characterization of Human ocavirus Structural and Nonstructural Protein Coding Genes in Children with Acute Respiratory Infections in Jakarta.

Human bocavirus (HBoV), pertama kali diidentifikasi pada sampel nasofaring manusia pada tahun 2005, telah dilaporkan menyebabkan berbagai manifestasi klinis. Hingga saat ini, HBoV telah diklasifikasikan menjadi empat genotipe (HBoV1-4) berdasarkan divergensi gen VP1. HBoV1 umumnya menyebabkan infeksi saluran pernapasan, sedangkan HBoV2-4 umumnya terkait dengan penyakit gastrointestinal. Sampai saat ini, belum ada studi molekuler tentang HBoV yang dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik molekuler gen pengkode protein struktural dan non-struktural HBoV dari sampel biologis tersimpan dari anak dengan infeksi saluran pernapasan akut (ISPA) di Jakarta, yang telah terkonfirmasi positif Bocavirus melalui PCR Multiplex dipadukan dengan hibridisasi. Sampel DNA diekstraksi dan diamplifikasi menggunakan sembilan pasang primer yang saling tumpang tindih untuk mendapatkan sekuens lengkap gen pengkode protein HBoV. Sekuens ini kemudian dianalisis lebih lanjut mengenai genotipe, filogeni, homologi, variasi asam amino, dan pemodelan konformasi protein menggunakan BLAST NCBI, Mega11, BioEdit, SWISS-MODEL, dan PyMOL. Semua sampel dikonfirmasi sebagai HBoV1 dengan homologi DNA berkisar antara 98,90% hingga 100%, berkorelasi kuat dengan isolat Asia. Tiga perbedaan asam amino ditemukan pada protein NS1 yang tidak pada motif esensial, satu pada protein NP1 dengan sifat polaritas asam amino yang sama, dan tiga pada protein VP3 yang diduga tidak mengubah tropisme dan antigenisitas virus. Oleh karena itu, keempat virus yang dideteksi merupakan HBoV genotipe 1 dan memiliki homologi DNA dan asam amino yang tinggi antar strain virus.
Kata kunci: Infeksi pernapasan, Bocavirus, Genotipe, Asam amino, HBoV


Human bocavirus (HBoV), first identified in human nasopharyngeal samples in 2005, has been reported to cause various clinical manifestations. To date, HBoV has been classified into four genotypes (HBoV1-4) based on VP1 gene divergence. HBoV1 typically causes respiratory tract infections, while HBoV2-4 are generally associated with gastrointestinal diseases. Until now, no molecular studies of HBoV have been reported in Indonesia. This study aims to characterize the molecular features of the structural and non-structural protein-coding genes of HBoV from stored biological samples from children with acute respiratory infections (ARI) in Jakarta, confirmed positive for Bocavirus through Multiplex PCR and hybridization. DNA samples were extracted and amplified using nine overlapping primer pairs to obtain a complete sequence of HBoV protein-coding genes. These sequences were then analyzed for genotype, phylogeny, homology, amino acid variations, and protein conformation modeling using BLAST NCBI, Mega11, BioEdit, SWISS-MODEL, and PyMOL. All samples were confirmed as HBoV1 with DNA homology ranging from 98.90% to 100%, closely related to Asian isolates. Three amino acid differences were found in the NS1 protein and none in essential motifs, one in the NP1 protein with the same amino acid polarity, and three in the VP3 protein are suspected not to alter the virus's tropism and antigenicity. Therefore, the four detected viruses are HBoV genotype 1 and have high DNA and amino acid homology among the viral strains.
Keywords: Respiratory infection, Bocavirus, Genotype, Amino acid, HBoV