Tesis

Genotyping dan Identifikasi Gen Resistensi Pada CarbapenemResistant Acinetobacter baumannii (CRAB) Asal Medan, Indonesia, Periode Juli - Desember 2022 Dengan Teknik Whole Genome Sequencing = Genotyping and Identification of CRAB (CarbapenemResistant Acinetobacter baumanii) from Medan, Indonesia, during July to December 2022, using Whole Genome Sequencing Technique.

Acinetobacter baumannii merupakan patogen oportunistik penyebab infeksi nosokomial dengan kemampuan yang tinggi dalam mengembangkan resistensi terhadap antibiotik. Resistensi terhadap antibiotik pada bakteri ini bahkan mencakup antibiotik lini akhir yaitu karbapenem sehingga memunculkan Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii (CRAB). Resistensi terhadap antibiotik disebabkan oleh adanya gen resistensi pada kromosom atau ekstra kromosomal. Isolasi bakteri A. baumannii dan isolasi DNA dilakukan pada bakteri asal RS. Murni Teguh, Kota Medan, Sumatera Utara. Melalui teknik Whole Genome Sequencing (WGS), 58 gen resistensi dan sejumlah mutasi teridentifikasi pada seluruh isolat. Sebagian besar gen berperan dalam resistensi melalui mekanisme pompa efluks, diikuti oleh inaktivasi enzimatis. Seluruh isolat resisten karbapenem menunjukkan adanya kehadiran gen famili blaOXA-23 dan blaOXA- 51. Identifikasi dilakukan dengan sistem MLST menunjukkan 27 dari 30 bakteri hasil isolasi teridentifikasi sebagai A. baumannii yang dibagi dalam 7 Sequence Type (ST) yang didominasi oleh ST 2 dan ST 1. ST novel ditemukan dalam penelitian ini yaitu ST-Past 2456 dan ST-Oxf 3213. Analisis lebih lanjut menunjukkan adanya elemen lainnya yang dapat berperan dalam resistensi seperti plasmid, sekuens insersi (IS), sekuens bakteriofaga dan sekuens sistem CRISPR/Cas. Pemahaman terkait A. baumannii dari resistensinya akan dapat berkontribusi terhadap pengembangan terapi dan strategi penanganan efektif terhadap bakteri ini pada masyarakat.
Kata kunci : Acinetobacter baumannii, resistensi, karbapenem, WholeGenome Sequencing


Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen that causes nosocomial infections with a high capacity for developing resistance to antibiotics. The resistance to antibiotics in this bacterium extends to even last-line antibiotics, such as carbapenems, leading to the emergence of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii (CRAB). Antibiotic resistance is attributed to the presence of resistance genes on the chromosome or extrachromosomal elements. Culture and DNA isolation were performed on A. baumannii collected from RS. Murni Teguh, Medan City, North Sumatra. Using the Whole Genome Sequencing (WGS) technique, 58 resistance genes and several mutations were identified across all isolates. The majority of these genes play a role in resistance through efflux pump mechanisms, followed by enzymatic inactivation. All carbapenem-resistant isolates exhibited the presence of the blaOXA-23 and blaOXA-51 family genes. Identification using the MLST system revealed that 27 out of 30 isolated bacteria were identified as A. baumannii, divided into 7 Sequence Types (ST), predominantly represented by ST 2 and ST 1. Novel STs discovered in this study include ST-Past 2456 and ST-Oxf 3213. Further analysis indicated the presence of other elements that could contribute to resistance, such as plasmids, insertion sequence (IS) elements, bacteriophage sequences, and CRISPR/Cas system sequences. Understanding A. baumannii resistance-related aspects can contribute to the development of effective therapies and management strategies for this bacterium in the community.
Keywords : Acinetobacter baumannii, resistence, carbapenem, WholeGenome Sequencing