Text

Analisis Kualitas RNA Jaringan Neoplasma pada Ovarium yang Disimpan Dalam Sediaan Formalin-Fixed Paraffin-Embedded dan Fresh-Frozen di Biobank Riset FKUI-RSCM = RNA Quality Analysis ofFormalin-Fixed Paraffin-Embedded Vs Fresh Frozen Ovarian Neoplasm Tissue Stored in Biobank Riset FMUI-RSCM.

Latar belakang: Neoplasma dapat terjadi karena mutasi genetik DNA dan RNA yang mempengaruhi fungsi replikasi sel. Neoplasma terbagi menjadi 2 jenis yaitu jinak dan ganas. Neoplasma/tumor yang ganas dikenal sebagai kanker. Saat ini penelitian neoplasma ovarium berbasis molekular semakin berkembang dan terus dilakukan untuk gen-gen yang terlibat dan terapi yang efektif pada penatalaksanaannya. Berkaitan dengan ini maka pengelolaan dan penyimpanan sampel jaringan sangat penting, terutama untuk menjaga kualitas materi genetik (DNA dan RNA) sehingga dapat dihasilkan berbagai penelitian yang lebih valid. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis kualitas RNA pada jaringan ovarium yang disimpan dalam bentuk Fresh Frozen suhu -80oC dan Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) dengan parameter konsentrasi, kemurnian, dan fragmentasi. Metode: Penelitian ini menggunakan desain eksperimental pada jaringan neoplasma ovarium yang disimpan dalam bentuk FFPE dan Fresh Frozen -80oC secara berpasangan berpasangan (N=25) milik Biobank Riset FKUI-RSCM. Kualitas RNA diuji dengan Nanodrop Spectrophotometer 2000 untuk kemurnian dan konsentrasi total, Qubit Fluorometer untuk konsentrasi utuh dan Elektroforesis Gel Agarosa untuk fragmentasi. Data diolah menggunakan uji T berpasangan untuk konsentrasi dan kemurnian. Data rata-rata fragmentasi diolah dengan uji McNemar. Hasil: RNA dalam jaringan Fresh Frozen memiliki rata-rata konsentrasi total, konsentrasi RNA utuh dan kemurnian yang lebih tinggi dibandingkan dalam FFPE (p=0,001). Hanya 16 sampel yang dapat dinilai fragmentasinya. Sebanyak 93% (n=15) sampel FFPE dan 31% sampel (n=5) fresh frozen mengalami fragmentasi. Terdapat perbedaan bermakna terjadinya fragmentasi antara metode penyimpanan FFPE dan Fresh Frozen (p=0,001). Simpulan: Kualitas RNA jaringan neoplasma ovarium yang disimpan dengan metode fresh frozen lebih baik dibandingkan penyimpanan dengan metode FFPE.
Kata kunci: Neoplasma ovarium, Kualitas RNA, FFPE, Fresh Frozen


Introduction: Neoplasms occur due to DNA and RNA gene mutation which can change cellular replication activity. Neoplasms are divided into 2 groups consist of benign and malignant. Malignant neoplasms are commonly referred to as “cancer”. Recently, molecular-based studies involving ovarian neoplasms are growing and still underway for its involving genes and the effective therapy for treating them. Therefore tissue storage and management are important to preserve its genetic quality (DNA and RNA) so that the validity of those studies is guaranteed. Objective: This study aims to analyze the RNA quality of ovarian neoplasm tissues stored in FFPE and Fresh Frozen method with concentration, purity, and fragmentation degree as the quality indicators. Methods: This experimental study used ovarian neoplasm tissues stored in FFPE and Fresh Frozen method in pairs that belong to Biobank Riset FKUI-RSCM. RNA quality was assessed using Nanodrop Spectrophotometer for whole concentration and purity, Qubit Fluorometer for intact concentration, and Agarose Gel Electrophoresis for fragmentation degree. The results were analyzed using Paired T-test for concentration and purity data. Fragmentation results are analyzed using McNemar Test. Results: RNA in Fresh Frozen tissues has higher total concentration (p=0,001), intact concentration (p=0,001), and better mean purity (p=0,001) than in FFPE tissues. There were only 16 samples eligible for RNA fragmentation analysis. There were 93% (n=15) of FFPE samples and 31% (n=5) of Fresh Frozen samples that have fragmented during storage. McNemar Test indicated a significant difference in fragmentation incidence between FFPE and Fresh Frozen tissues. Conclusion: RNA in Fresh Frozen tissues has better quality than in FFPE tissues.
Key words: Ovarian Neoplasm, RNA Quality, FFPE, Fresh Frozen.