Tesis

Identifikasi dan Karakterisasi Genomik SARS-CoV-2 Pada Pasien Covid-19 Asimtomatik–Gejala Ringan dan Gejala Sedang-Berat = Genomic identification and characterization of SARS-CoV-2 in asymptomatic-mild and moderate-severe COVID-19 patients.

Latar Belakang : Selama masa pandemic Covid-19 berlangsung, SARS-CoV-2 mengalami beberapa mutasi. Proses tersebut menghasilkan varian-varian baru dengan fenotipe dan genotipe, pola transmisi, serta virulensi yang berbeda-beda. Pemantauan mutasi genetik SARS-CoV-2 ini penting untuk mengikuti peta penyebaran geografis virus, sekaligus mengetahui variasi antigen yang dapat mempengaruhi respons imun tubuh terhadap virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi secara genomik virus SARS-CoV-2 yang dikaitkan dengan tingkat keparahan infeksi pada pasien Covid- 19 asimptomatik-gejala ringan dan gejala sedang-berat Metode : Penelitian menggunakan desain potong lintang retrospektif, menggunakan spesimen tersimpan di Laboratorium Mikrobiologi FKUI, yang diperoleh dari pasien Covid-19 di RSUPN DR. Cipto Mangunkusumo dan RS. Sari Asih Ciledug selama periode 1 April 2020 - Juni 2021. Spesimen yang memenuhi kriteria inklusi dilakukan ekstraksi RNA kemudian dirubah menjadi cDNA, lalu diamplifikasi. Kemudian dilakukan library preparation selanjutnya dilakukan sequencing. Whole genome sequencing dilakukan di Indonesia Medical Education and Research Institute (IMERI) FKUI. Hasil WGS kemudian diolah dengan bioinformatika untuk analisis karakteristik genom Hasil Penelitian : Hasil studi dari 29 spesimen pada kelompok asimtomatik-ringan dan 31 spesimen pada kelompok gejala sedang-berat didapatkan varian terbanyak yaitu B.1.466.2 . Pada kedua kelompok, mutasi paling banyak terjadi pada gen S-D614G diikuti dengan ORF1b-P314L, ORF3a-Q57H dan mutasi pada N-T205I serta gen ORF1aP1640L. Kesimpulan : Dari 60 spesimen pasien SARS-CoV-2 yang dianalisis dalam studi ini, varian SARS-CoV-2 yang paling banyak ditemukan adalah B.1.466.2, namun varian tersebut tidak berhubungan dengan tingkat keparahan penyakit SARS-CoV-2. Pada studi ini tidak ditemukan variasi mutasi gen SARS-CoV-2 yang secara khas hanya ada di salah satu kelompok pasien Covid-19.
Kata kunci : SARS-CoV-2, whole genome sequencing, mutasi gen, manifestasi klinis


Background : During the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) underwent several mutations that resulted in various new phenotypes. The complexity of the clinical phenotype depends on the host, virus, and environement. It is important to evaluate these mutations to identify antigen variations that may affect the immune response to the virus. This study aimed to identify the genomic characteristics of SARS-CoV-2 and analyzing its correlation to the severity of COVID-19. Methods : This is a retrospective cross-sectional study, using specimens stored at the FKUI Clinical Microbiology Laboratory, which were obtained from Covid-19 patients at Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital and Sari Asih Ciledug Hospital during the period April 1, 2020 to June 2021. RNA was extracted from specimens that meet the inclusion criteria and converted into cDNA, then amplified. Then library preparation is carried out for sequenced. Whole genome sequencing was held at the Indonesia Medical Education and Research Institute (IMERI) FKUI. The WGS results were then processed with bioinformatics for genome characteristic analysis. Results : The study results from 29 specimens in the asymptomatic-mild group and 31 specimens in the moderate-severe group obtained the most variants of B.1.466.2. In both groups, the most mutations occurred in the S-D614G gene followed by ORF1b-P314L, ORF3a-Q57H and mutations in N-T205I and the ORF1a-P1640L gene. Conclusion : 60 SARS-CoV-2 patient specimens analyzed in this study, the most common SARS-CoV-2 variant found was B.1.466.2, but the variant was not associated with SARS-CoV-2 disease severity. From this study, no specific SARS-CoV-2 gene mutation variations were found in only one of the Covid-19 patient groups.
Keyword : SARS-CoV-2, whole genome sequencing, gene mutation, clinical manifestation