Tesis

Penggunaan Swab Bukal sebagai Spesimen Untuk Deteksi SARS-COV2 Menggunakan Metode Real Time RT-PCR = The Use of Buccal Swab as Specimen for Detection of SARSCOV-2 by Using Real-Time RT-PCR Method.

Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan virus SARS-COV-2 yang dapat menyebar melalui percikan (droplet) yang dikeluarkan saat batuk atau bersin. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus tersebut menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif dengan cara memasukkan swab kedalam hidung dan mulut sehingga dapat menyebabkan pasien batuk atau bersin. Diperlukan suatu tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2 Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19 yang diperiksa di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI. Spesimen menjalani proses optimasi, proses ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR . Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien dengan hasil uji swab nasofaring dan orofaring yang sebelumnya positif. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct < 25 , hasil kesesuaian positif dan kesesuaian negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan kesesuaian negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan kesesuaian negatif adalah 100%. Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2. Hasil perbandingan swab nasofaring orofaring memberikan kesesuaian positif 100% menggunakan real-time RT-PCR dengan nilai Ct < 25dan Ct < 30.
Kata kunci : SARS- CoV- 2, COVID- 19, Buccal Swabs, real time RT-PCR


Background: COVID-19 is caused by the SARS-COV-2 virus which can spread through droplets released when coughing or sneezing. WHO published a laboratory examination protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR method from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive by inserting a swab into the nose and mouth so that it can cause the patient to cough or sneeze. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable for the patient. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination. Methods: This diagnostic test study conduted from 2020 to 2021, taking specimens of nasopharyngeal swabs, oropharyngeal swabs and buccal swabs from COVID-19 positive patients who were examined at the Clinical Microbiology Laboratory of FKUI. Specimens underwent an optimization process, viral RNA extraction process and real time RT-PCR. Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients with previously positive nasopharyngeal and oropharyngeal swab test results. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative agreement are 100%. The value of Ct < 30 results in a positive agreement of 85.3% and a negative agreement of 100%. The value of Ct < 40 , the result of positive agreement is 51.1% and the negative agreement is 100%. Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination. The results of the comparison of nasopharyngeal oropharyngeal swabs gave a 100% positive match using real-time RT-PCR with Ct < 25 and Ct < 30 values.
Key words : SARS-CoV-2, COVID-19, Buccal Swabs, real time RT-PCR