Skripsi

Pengaruh Metode Penyimpanan Jaringan terhadap Kualitas DNA Jaringan Kanker Ovarium = Effect of Tissue Storage Methods on DNA Quality in Ovarian Cancer Tissue.

Latar belakang: DNA merupakan materi genetik yang sangat penting di dalam menyingkap berbagai fenomena biologis termasuk kanker ovarium. Kanker ovarium merupakan kanker penyebab kematian tertinggi kedua pada penyakit kanker yang menyerang genitalia wanita setelah kanker serviks. Penelitian terhadap kanker ovarium berbasis gen terus dikembangkan untuk mencari keterlibatan berbagai gen yang berperan baik sebagai faktor penyebab maupun dalam terapeutik. Penanganan jaringan ovarium sebagai sumber material DNA menjadi sangat penting, terutama penyimpanan jaringan tersebut untuk jangka Panjang. BBR FKUI-RSCM dalam mengelola bahan biologis tersimpan (BBT) menggunakan dua metode penyimpanan yaitu dalam freezer suhu -80°C dan dalam blok parafin (FFPE). Jaringan kanker ovarium yang disimpan dalam kedua metode tersebut diharapkan dapat menjadi sumber materi DNA yang dapat digunakan oleh para peneliti di bidangnya. Untuk itu diperlukan suatu basis data mengenai kualitas DNA yang dihasilkan dari kedua metode penyimpanan tersebut. Tujuan: Mendapatkan data empiris mengenai kualitas materi genetik yang disimpan menggunakan dua metode penyimpanan (Fresh Frozen dan FFPE). Metode: Penelitian ini menggunakan desain eksperimental pada jaringan kanker ovarium yang disimpan dalam bentuk Fresh Frozen dan FFPE secara berpasangan (N=25) yang tersimpan di BBR FKUI-RSCM. Kualitas DNA diuji dengan Spektrofotometer Nanodrop 2000 untuk kemurnian dan konsentrasi total, Qubit Fluorometer untuk konsentrasi utuh, dan Elektroforesis Gel Agarosa untuk tingkat fragmentasi. Untuk analisis kemurnian digunakan uji McNemar. Untuk analisis konsentrasi digunakan uji Wilcoxon. Untuk analisis tingkat fragmentasi digunakan uji Chi Square. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara kemurnian DNA sampel Fresh Frozen dan sampel FFPE (p=0,388). Sedangkan pada konsentrasi total (p=0,006), konsentrasi utuh (p=0,000), dan tingkat fragmentasi (p=0,000) terdapat perbedaaan bermakna antara sampel Fresh Frozen dan sampel FFPE. Simpulan: Kualitas DNA jaringan kanker ovarium yang disimpan dengan metode Fresh Frozen lebih baik daripada dengan metode FFPE, dalam hal konsentrasi dan tingkat fragmentasi. Namun tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna dalam hal kemurnian.
Kata kunci: Kualitas DNA, Kanker Ovarium, Fresh Frozen, FFPE


Latar belakang: DNA is a very important genetic material in various biological phenomena including ovarian cancer. Ovarian cancer is the second leading cause of cancer death in women's genitals after cervical cancer. Research on gene-based ovarian cancer continues to be developed to find the involvement of various genes that play a role both as a causative factor and in therapy. Treating ovarian tissue as a source of DNA material becomes very important, especially the long-term storage of this tissue. BBR FKUI-RSCM in managing stored biological material uses two storage methods, namely in a freezer at -80 °C and in a paraffin block (FFPE). Ovarian cancer tissue stored in both methods is expected to be a source of DNA material that can be used by researchers in the field. For this reason, we need a basic data regarding the quality of DNA produced from the two storage methods. Tujuan: Obtain empirical data on the quality of stored genetic material using two storage methods. Metode: This study used an experimental design on ovarian cancer tissue stored in the form of Fresh Frozen and FFPE in pairs (N=25) stored in BBR FKUI-RSCM. DNA quality was tested by Nanodrop Spectrophotometer 2000 for purity and total concentration, Qubit Fluorometer for intact concentration, and Agarose Gel Electrophoresis for fragmentation level. For purity analysis, McNemar test was used. For concentration analysis, Wilcoxon test was used. For analysis of the level of fragmentation, Chi Square test was used. Hasil: There was no significant difference between the DNA purity of the Fresh Frozen sample and the FFPE sample (p=0.388). While the total concentration (p = 0.006), intact concentration (p = 0.000), and the level of fragmentation (p = 0.000) there was a significant difference between the Fresh Frozen sample and the FFPE sample. Simpulan: The DNA quality of ovarian cancer tissue stored with the Fresh Frozen method is better than the FFPE method, in terms of concentration and fragmentation degree. However, it did not show a significant difference in terms of purity.
Key words: DNA Quality, Ovarian Cancer, Fresh Frozen, FFPE