Tesis

Ekspresi dan Reaktivitas Antigen Rekombinan Spike dan Nukleokapsid untuk Deteksi Antibodi Anti SARS CoV-2 = Expression and Reactivity of Recombinant Spike and Nucleocapsid Antigens for Detection of Anti SARS CoV-2 Antibody.

Infeksi Covid-19 merupakan masalah kesehatan di Indonesia bahkan juga hampir seluruh negara. Diagnostik yang cepat diperlukan untuk mendeteksi infeksi Covid-19 pada masyarakat luas. Untuk memenuhi kebutuhan uji diagnostik deteksi infeksi Covid-19, maka tiap negara mengupayakan penelitian dan pengembangan bahan baku yang dapat digunakan untuk uji diagnostik. Tujuan penelitian ini adalah mengekspresikan dan mempurifikasi protein rekombinan spike dan nukleokapsid SARS CoV-2 pada sistem ekspresi E.coli sehingga dapat digunakan untuk pengembangan uji diagnostic seperti rapid test. Penelitian ini menggunakan DNA sintetik penyandi antigen rekombinan spike dan nukleokapsid SARS CoV-2 yang bersifat immunodominan yang telah dioptimasi kodon untuk sistem ekspresi E.coli. DNA sintetik diklona ke plasmid pQE80L untuk diekspresikan, kemudian di purifikasi menggunakan afinitas NiNTA. Antigen rekombinan spike dan nukleokapsid yang diperoleh kemudian diuji reaktivitas menggunakan antibody anti-S1 dan anti nukleokapsid SARS CoV-2 sebagai antibodi kontrol positif, serta direaksikan pada serum positif Covid-19 dan serum normal. Gen sintetik berhasil dikontruksi pada plasmid pQE80L dan dapat diekspresikan dengan induksi 1 mM IPTG selama 4 jam. Antigen rekombinan terpurifikasi secara optimal pada kondisi denaturasi dengan pH elusi 5,9 dan 4,5. Hasil uji Western blot dengan menggunakan protein spike dan nukleokapsid yang diperoleh menunjukkan adanya reaktivitas yang dapat dikenali oleh antibody antiS1, antibody anti-nukleokapsid dan serum positif Covid-19. Antigen rekombinan spike dan nukleokapsid SARS CoV-2 untuk deteksi antibody anti-SARS CoV-2 telah berhasil dikembangkan, akan tetapi penggunaan antigen rekombinan yang diperoleh untuk deteksi antibody SARS CoV-2 masih memerlukan optimasi purifikasi lebih lanjut.
Kata kunci: Antigen rekombinan spike-SARS CoV-2, Antigen rekombinan nukleokapsid-SARS CoV-2


Covid-19 infection is a health problem in Indonesia and even in almost all countries. Rapid diagnostics are needed to run Covid-19 infection in the wider community. To meet the needs of diagnostic tests and detection of Covid-19 infection, each country is working on research and development of raw materials used for diagnostic tests. The aim of this research is to express and purify the recombinant spike protein and nucleocapsid SARS CoV-2 in the E. coli expression system so that it can be used for the development of diagnostic tests such as the rapid test. This study uses synthetic DNA encoding the recombinant spike antigen and SARS CoV-2 nucleocapsid which is immunodominant which codon has been optimized for the E. coli expression system. Synthetic DNA was cloned onto plasmid pQE80L to be expressed, then purified using affinity Ni-NTA. The recombinant spike antigen and nucleocapsid that were tested were then tested for reactivity using anti-S1 antibodies and anti-nucleocapsid SARS CoV-2 as positive control antibodies, and reacted to positive serum Covid-19 and normal serum. The synthetic gene was successfully constructed on pQE80L plasmid and could be expressed by induction of 1 mM IPTG for 4 hours. Optimally purified recombinant antigen in denaturation conditions with elution pH of 5.9 and 4.5. The results of the Western blot test using spike protein and nucleocapsid showed that the reactivity could be recognized by anti-S1 antibodies, anti-nucleocapsid antibodies and positive serum Covid19. Spike recombinant antigen and SARS CoV-2 nucleocapsid for the detection of antiSARS CoV-2 antibodies have been developed, but the use of the recombinant antigen obtained for the detection of SARS CoV-2 antibodies still requires further optimization of purification.
Keywords : Recombinant antigen spike-SARS CoV-2, Recombinant antigen nukleokapsid-SARS CoV-2