Skripsi

Pengaruh Durasi Penyimpanan terhadap Kualitas DNA Biospesimen Kanker FFPE yang Disimpan di Biobank Riset FKUI-RSCM Tahun 2015-2018 = The Effect of Storage Period on DNA Quality of FFPE Cancer Biospecimen Stored in FKUI-RSCM Research BioBank in 20152018.

Latar belakang: Dewasa ini perkembangan ilmu biologi molekular semakin berkaitan dengan peningkatan kebutuhan biospesimen manusia. DNA yang terkandung didalamnya dapat mendukung penemuan terobosan baru. DNA terkandung dalam jaringan awetan formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) berpotensi menjadi sumber penelitian yang baik. BioBank Riset FKUI-RSCM menyimpan FFPE dari tahun 2014 untuk berbagai aplikasi salah satunya adalah penelitian. Maka itu diperlukan uji kualitas FFPE milik BioBank Riset FKUI-RSCM sebagai dasar penelitian yang akurat. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh durasi waktu penyimpanan FFPE yang disimpan di atas dan di bawah 2 tahun terhadap kualitas DNA yang diukur melalui paremeter kemurnian, konsentrasi, dan tingkat degradasi. Metode: Desain penelitian ini merupakan retrospektif menggunakan FFPE kanker jaringan di atas 2 tahun (N=20) dan di bawah 2 tahun (N=30) yang disimpan di BioBank Riset FKUI-RSCM. Dilakukan ekstraksi DNA menggunakan QIAamp DNA FFPE Tissue Kit. Digunakan spektrofotometer Nanodrop 2000 untuk menguji kemurnian DNA (rasio A260/A280) dan mengukur konsentrasi DNA total; Qubit fluorometer untuk mengukur konsentrasi DNA utuh; dan elektroforesis gel agarosa untuk melihat terjadinya degradasi DNA. Hasil: Secara keseluruhan tidak terdapat perbedaan kualitas DNA antara kedua kelompok. Pemisahan uji berdasarkan asal jaringan mendapatkan perbedaan rata-rata kemurnian DNA bermakna pada kelompok jaringan ovarium (p=0,034) serta perbedaan rata-rata konsentrasi DNA total (p=0,022) dan DNA utuh (p=0,008) bermakna pada kelompok jaringan serviks. namun tidak terdapat perbedaan ratarata degradasi DNA (p=1,00). Simpulan: Durasi penyimpanan berpengaruh terhadap kemurnian DNA (jaringan ovarium), konsentrasi DNA total (jaringan serviks), dan DNA utuh (jaringan serviks), tetapi durasi penyimpanan tidak berpengaruh terhadap degradasi DNA.
Kata kunci: DNA, jaringan formalin-fixed and paraffin-embedded, uji kualitas, durasi penyimpanan, BioBank.


Background: Development of molecular biology is associated with an increased need for human biospecimen. DNA contained within could support new discoveries. DNA in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues have the potential to be a viable resource for research. BioBank Riset FKUI-RSCM has been storing them since 2014 for various application including research. Thus, quality check on their samples are needed as basis for accurate research. Objective: This research aimed to study the effects of FFPE storage period stored for greater and lesser than 2 years on DNA quality measured by purity, concentration and degree of degradation. Methods: This retrospective research used FFPE cancer tissue samples stored greater than 2 years (N=20) and lesser than 2 years (N=30) from various tissues stored in BioBank Riset FKUI-RSCM. DNA extraction is done using QIAamp DNA FFPE Tissue Kit. DNA purity (A260/A280 ratio) and total DNA concentration is measured using Nanodrop spectrophotometer; whole DNA is measured using Qubit Fluorometer; DNA degradation is observed by agarose gel electrophoresis. Results: There were no overall significant mean differences in DNA quality of both groups. Analysis based on tissue origin found a significant mean difference of DNA purity in ovarium tissue group (p=0,034) as well as total DNA (p=0,022) and whole DNA (P=0,008) in cervix tissue group. However, there was no significant mean difference in DNA degradation (p=1,00). Conclusion: Storage period of FFPE significantly impacts DNA purity (ovaries), and total DNA (cervix) and whole DNA (cervix), however storage period does not significantly impact DNA degradation.
Keywords: DNA, formalin-fixed and paraffin-embedded tissue, quality check, storage period, BioBank.