Tesis

PENGEMBANGAN SISTEM EKSPRESI PARTIKEL VIRUS HIV REPLIKATIF BERBASIS REKOMBINASI PLASMID PROVIRUS HIV-1 pNL4-3∆ENV DAN FRAGMEN DNA ENVELOP BERBAGAI SUBTIPE HIV-1 UNTUK UJI RESISTENSI ANTIRETROVIRUS DAN EFIKASI VAKSIN.

Protein envelop yang berperan dalam fusi virus kedalam sel inang merupakan salah satu target yang digunakan dalam terapi antiviral dan pengembangan vaksin HIV. Pengembangan antiviral dan vaksin yang efektif untuk mengatasi infeksi HIV sering terhalang oleh kemampuan virus dalam bermutasi dan berekombinasi, menyebabkan tingginya variabilitas virus HIV. Virus rekombinan yang dihasilkan melalui mekanisme rekombinasi homolog bisa menjadi solusi untuk mengatasi permasalahan ini. Penelitian ini bertujuan untuk menyediakan backbone plasmid yang dapat berekombinasi dengan fragmen DNA envelop HIV yang dihasilkan melalui RT-PCR RNA HIV yang berasal dari pasien maupun sumber lainnya untuk memproduksi partikel virus yang merepresentasikan populasi gen envelop kuasispesies HIV dari sumber asalnya. Plasmid pNL4-3 yang mengandung keseluruhan genom HIV-1 telah dimutasi untuk mendelesi 2.063 pb nukleotida pengkode gen envelop dan telah diintroduksikan situs restriksi NruI pada daerah yang didelesi. Sistem amplifikasi untuk gen envelop CRF01_AE juga telah dikembangkan untuk memfasilitasi terbentuknya fragmen DNA yang dapat berekombinasi dengan pNL4-3 yang telah didelesi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa daerah envelop pNL4-3 telah berhasil didelesi dan situs restriksi NruI telah berhasil ditambahkan pada daerah delesi. Amplifikasi daerah envelop melalui RT-PCR RNA HIV yang diekstraksi dari spesimen klinik juga telah berhasil dilakukan menggunakan primer yang memfasilitasi rekombinasi dengan pNL4-3 tanpa gen envelop.
Kata kunci: HIV-1, rekombinasi homolog, protein envelop HIV-1, uji fenotipik antifusi, PCR mutagenesis


HIV-1 envelope protein that mediated the fusion of virus with the host cell membrane is one of the best target for antiviral therapy and vaccine development. Nevertheless, development of antiviral and vaccine has always been interfered by the ability of the virus to mutate and recombine, leading to a large number of HIV variant. Recombinant virus that is formed by homolog recombination is an alternative solution to overcome this problem. The aim of this research is to provide a plasmid backbone that can recombine with HIV envelope DNA fragment that is generated by RT-PCR of HIV viral RNA extracted from patient specimens or other sources to produce viral particle that represent the population of envelope gene of HIV quasispesies in the original source. pNL4-3 which has the HIV-1 full genome has been mutated to delete 2.063 bp nucleotides of wild type pNL4-3 envelop coding sequence and to introduce an unique NruI restriction enzyme site at the deletion site. Amplification system for HIV CRF01_AE envelope was also developed to facilitate formation of the DNA fragmen for recombination event. The sequencing result shows that the envelope region of pNL4-3 has been successfully deleted and the NruI restriction site has been introduced according to the design. Amplification of the envelope region by RT-PCR of HIV RNA extracted from clinical specimen was also successful using the primer set that facilitate recombination with the env deletion version of pNL4-3.
Key words: HIV-1, homolog recombination, HIV-1 envelope protein, phenotypic resistance testing, mutagenesis PCR