Tesis

Pola Quasispesies Virus Hepatitis C (HCV) Genotipe 1B Berbasis Daerah ISDR-V3 Gen NS5A pada Pasien Hepatitis C Kronis dan Kanker Hati di Indonesia = The Quasispecies Pattern of Hepatitis C Virus (HCV) Genotype 1b based on ISDR-V3 Region NS5A Gene In Patients With Chronic Hepatitis C and Hepatocellular Carcinoma in Indonesia.

Virus hepatitis C (HCV) menarik perhatian khusus karena merupakan salah satu penyebab penting dari penyakit hati kronis di seluruh dunia. Virus RNA ini bersirkulasi sebagai quasispesies dan menunjukkan heterogenitas genetik yang tinggi akibat adanya mutasi ganda yang terjadi pada setiap tahap replikasinya. Keragaman virus ini memberikan implikasi secara klinis maupun epidemiologi dan telah dikaitkan dengan tingkat keparahan penyakit hati, respon pengobatan, dan sebagainya. Pada studi ini dilakukan analisis quasispesies dengan metode pengklonaan dan sekuensing gen NS5A, khususnya daerah ISDR-V3, dari 10 sampel pasien hepatitis kronis (CH) dan 10 pasien kanker hati (HCC) yang diakibatkan infeksi HCV 1b. Kompleksitas dan diversitas quasispesies pada sampel CH lebih tinggi dibandingkan HCC, tetapi tidak signifikan secara statistik. Hasil analisis substitusi asam amino menunjukkan terdapat suatu daerah pada ISDR-V3 yang berbeda jelas antara kelompok CH dan HCC. Berdasarkan studi ini, tidak terdapat korelasi antara kompleksitas dan diversitas quasispesies pada nukleotida dan asam amino gen NS5A terhadap tingkat keparahan penyakit hati. Perbedaan substitusi asam amino di daerah ISDR-V3 antara kelompok CH dan HCC belum dapat dipastikan peran dan asosiasinya dengan tingkat keparahan penyakit hati sehingga perlu adanya studi lebih lanjut.
Kata kunci: NS5A; penyakit hati; quasispesies; virus hepatitis C


Hepatitis C virus (HCV) receive special attention regarding to its role as one of the major cause chronic liver disease worldwide. This RNA virus circulates as quasispecies and showed high genetic heterogeneity due to the presence of mutations that occur at each stage of replication. This virus diversity provides clinical and epidemiological implications and has been associated with the severity of liver disease, treatment response, etc. In this study we evaluated the genetic quasispecies of HCV by cloning and sequencing analysis of NS5A, especially ISDR-V3 region, in 10 patients with chronic hepatitis (CH) and 10 patients with HCC HCV 1b infection. The quasispecies complexity and diversity of CH samples were higher than HCC, but not statistically significant. The result of amino acid substitutions analysis suggests there was a region in the ISDR-V3 that distinctly different between CH and HCC groups. Based on this study, there was no correlation between the quasispecies complexity and diversity at nucleotide and amino acid level of NS5A gene with the severity of liver disease. The role of amino acid substitutions differences in the ISDR-V3 region between CH and HCC and its association with severity of liver disease have not been determined yet and require further study.
Keywords: NS5A; liver disease; quasispecies; hepatitis C virus