Skripsi

Pengklonaan Fragmen Gen Viral Infectivity Factor (Vif) HIV-1 ke dalam Vektor Ekspresi Prokariot pQE-80L. = Cloning of Viral Infectivity Factor (Vif) Fragment Gene of HIV-1 in to pQE-80L Procariotic Expression Vector.

Gen vif memiliki peran esensial dalam patogenesis HIV ke sel manusia melalui interaksinya dengan protein APOBEC3G. Oleh karena itu, karakterisasi gen dan protein vif menjadi fondasi penting dalam rangka penemuan obat atau vaksin HIV yang baru berbasis vif. Dalam rangka menghasilkan protein vif tersebut, pengklonaan gen termasuk hal yang penting guna memproduksi gen vif dalam jumlah yang besar. Proses pengklonaan pada sel prokariot itu sendiri mencakup isolasi dan purifikasi plasmid, restriksi secara enzimatik, lalu proses ligasi dan transformasi ke dalam sel inang kompeten. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona fragmen gen vif HIV-1 isolat CRF01_AE ke dalam vektor ekspresi prokariot pQE-80L. Terlebih dahulu, plasmid pQE-80L diisolasi dari sel E. coli kompeten TOP 10, kemudian dipurifikasi dan direstriksi dengan enzim BamHI. Fragmen gen vif pun diberi situs tambahan BamHI dan EcoRI, lalu diligasi ke dalam pQE-80L. DNA rekombinan yang diperoleh selanjutnya ditransformasi ke dalam E. coli TOP 10 untuk dikultur. Efisiensi transformasi yang diperoleh adalah 4,16 x 107 transforman/μg (efisien bila >106 transforman/μg). Sebanyak 46 transforman dari 200 koloni yang diperoleh dipilih secara acak untuk verifikasi DNA rekombinan. Verifikasi dilakukan dengan melakukan isolasi plasmid rekombinan dan elektroforesis pada gel agarosa. Berdasarkan analisis tersebut, ditemukan sebanyak 34 klonaan mengalami shifting (73,91%). Verifikasi tersebut menunjukkan bahwa fragmen gen vif HIV-1 telah berhasil disisipkan pada vektor ekspresi prokariot pQE-80L dan diklona ke dalam E. coli TOP10.
Kata kunci: Escherichia coli TOP10, Gen vif HIV-1, Pengklonaan gen, Plasmid pQE-80L.



Vif gene plays an essential role in the pathogenesis of HIV to human cells through its interaction to APOBEC3G protein. Thus, the characterization of vif gene and protein become an important cornerstone in order to find a novel HIV drugs or vaccine based on vif. To generate a vif protein, cloning of the genes are imporant to produce vif genes in large quantities. The process of cloning in prokaryotic cells it self includes isolation and purification of the plasmid, enzymatic restriction, then process of ligation and tranformation into a competent host cell. This study aimed to clone fragment gene of vif HIV-1 CRF01_AE isolates into the pQE-80L prokaryotic expression vector. First of all, pQE-80L plasmid isolated from E. coli Top 10 competent cells, then it purified and restricted with BamHI enzyme. The vif fragment gene is also added with BamHI and EcoRI sites, then ligated into pQE-80L. Recombinant DNA is then transformed into E. coli TOP10, then to be cultured. The efficiency of transformation that achieved is 4,16 x 10 7 transformant/μg (efficient if >106 transformant/μg). A total of 46 transformants obtained from 200 randomly selected colonies for verification of recombinant DNA. Verification carried out with recombinant plasmid isolation and agorose gel electrophoresis. Based on this analysis, we found a number of 34 clones having shifting (73,91%). The verification shows that the gene fragment of vif HIV-1 has been successfully inserted into the pQE-80L prokaryotic expression vector and cloned into E. coli TOP10.
Keywords: Escherichia coli TOP10, Vif HIV-1 gene, Gene cloning, pQE-80L plasmid.