Skripsi

Transformasi dan Verifikasi Hasil Ligasi Fragmen Gen vif HIV-1 dengan pGEX-6p-1 ke Dalam Escherischia Coli TOP10. = Transformation and verification of Ligation of vif HIV-1 Gene Fragment and pGEX-6p-1 to Escherichia Coli TOP10.

Infeksi HIV merupakan permasalahan yang semakin meningkat di seluruh dunia, termasuk di Indonesia. Dari sekian banyak gen yang dimiliki virus ini, gen vif adalah gen yang berperan penting dalam infektivitas. Tanpa protein vif, HIV-1 tidak dapat bereplikasi dalam sel limfosit T manusia. Dengan demikian, gen ini dapat menjadi secercah harapan untuk pengembangan terapi HIV di masa depan. Karakteristik gen serta protein vif HIV-1 perlu dipelajari dengan baik. Protein vif dapat diperoleh dalam jumlah banyak dengan teknik pengklonaan DNA. Penelitian ini menggunakan fragmen gen vif HIV-1 yang digabungkan dengan vektor plasmid pGEX-6p-1. Plasmid rekombinan kemudian ditransformasi ke Escherichia coli TOP10 dan ditumbuhkan. Koloni yang berhasil tumbuh kemudian diisolasi dan diseleksi menggunakan enzim restriksi endonuklease EcoRI. Koloni yang lolos seleksi kemudian akan diverifikasi dengan menggunakan metode DNA sequencing untuk melihat basa-basa penyusun plasmid rekombinan. Hasil menunjukkan ada 276 koloni yang tumbuh dengan efisiensi transformasi 1,656x109 . Dipilih 6 koloni untuk diisolasi dan diseleksi. Proses isolasi memberikan hasil tiga koloni yang kemungkinan mengandung plasmid rekombinan. Akhirnya satu koloni terpilih dari proses seleksi menggunakan EcoRI. Dari hasil sequencing menggunakan ABI sequencer, terlihat bahwa gen vif HIV-1 berhasil tersisip pada plasmid rekombinan. Namun, pGEX- 6p-1 tidak ditemukan dalam fragmen plasmid rekombinan yang berhasil disekuens menggunakan primer pGEX-R (5’GGCCGGATCCTTAGTGTCCATTCATTGTATGGCTC3’).
Kata kunci: pengklonaan DNA, pGEX-6p-1, vif HIV-1.



HIV infection is a progressive problem around the world, in Indonesia also. HIV-1 is the pathogen found in Indonesia archipelago. Among genes constructing the virus, vif has important role in viral infectivity. Without vif, HIV- 1 wouldn’t be able to replicate in human T lymphocyte. Thus, vif can be a hope to HIV therapy in the future. Characteristic of vif gene and protein are necessary to be learnt well. The vif protein can be obtained in adequate quantity with DNA cloning technique. This research used vif HIV-1 gene fragment and plasmid vector, pGEX-6p-1. Recombinant plasmid then was transformed to Escherichia coli TOP10 and cultured. The growing colonies were isolated and went through selection process using restriction enzyme, EcoRI. Colony which passed the selection process was verified using DNA sequencing method to reveal bases constructing the recombinant plasmid. Result showed there was 276 colonies grew with transformation efficiency 1,656x109 . Six colonies were chosen to be isolated and selected. There were three colonies predicted having plasmid recombinant from isolation process. After selection, only one colony was passed through EcoRI selection process. DNA sequencing with ABI sequencer showed vif HIV-1 gene successfully inserted in recombinant plasmid. Unfortunately, pGEX-6p-1 was not found in sequenced plasmid recombinant fragment using pGEX-R primer (5’GGCCGGATCCTTAGTGTCCATTCATTGTATGGCTC3’).
Key words: DNA cloning, pGEX-6p-1, vif HIV-1.