Skripsi

Optimasi Konsentrasi Magnesium Klorida pada Reaksi Polimerasi Berantai untuk Amplifikasi Gen Vif HIV-1. = Optimization of Magnesium Chloride Concentration for Polymerase Chain Reaction in Amplification of Gen Vif HIV-1.

Infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV), terutama HIV-1, saat ini sudah meluas di seluruh dunia dan menyebabkan masalah serius hingga kematian. Salah satu target penelitian untuk terapi infeksi HIV adalah gen vif. Gen ini merupakan gen utama penentu sifat infeksius HIV dan dapat melawan APOBEG3G, suatu protein sistem pertahanan tubuh terhadap HIV. Dalam pelaksanaan studi penghambatan fungsi Vif, diperlukan karakterisasi susunan asam amino maupun fungsi protein Vif. Untuk menunjang hal tersebut, pada percobaan ini dilakukan amplifikasi DNA yang mengandung nukleotida vif dengan optimasi konsentrasi magnesium klorida pada reaksi polimerasi berantai. Magnesium klorida berperan sebagai kofaktor enzim polimerase. Pada penelitian ini digunakan cetakan DNA dari plasmid pNL-43, primer bersusunan nukleotida GGCCGGATCCGAATTCATGGAAAACAGATGGCAG dan GGCCGGATCC GTTCCATTCATTGTATGGCTC, dan reagen Hot Star dari Qiagen. Penelitian ini dilakukan secara duplo dan konsentrasi magnesium klorida yang digunakan yakni 1,5; 1,75; 2; 2,25; 2,5; 2,75; 3 mM. PCR terdiri atas 35 siklus dengan tahap denaturasi awal (94o C) selama 15 menit, denaturasi (94o C) selama 30 detik, annealing (61,8o C) selama 30 detik, extension (72 o C) selama 45 detik, dan extension akhir (72o C) selama 10 menit. Produk amplifikasi dianalisis pada elektroforesis gel poliakrilamid dan divisualisasikan dengan pewarnaan etidium bromida serta penyinaran UV pada mesin Gel-Doc. Intensitas pita DNA diukur dengan densitometri. Analisis intensitas pita DNA menunjukkan magnesium klorida berperan penting dalam amplifikasi gen vif HIV-1 dalam batas tertentu dan dengan konsentrasi optimal 2 mM. Konsentrasi ini dapat digunakan dalam penelitian lanjutan untuk memperoleh produk amplifikasi gen vif HIV-1 yang diperlukan dalam studi karakterisasi maupun uji fungsi protein rekombinan Vif HIV-1.
Kata kunci : HIV, vif, APOBEG3G, teknik polimerasi berantai, magnesium klorida, pNL43.



Nowadays, infection of Human Immunodeficiency Virus (HIV), especially HIV- 1, has spread worldwide and led to serious problems to death. One target of therapeutic studies is vif. Vif is an important gene of HIV to determine its infectiousness as it is able to against APOBEG3G, a human defense mechanism protein. In order to support the study of vif inhibition, it’s important to get information about characterization of vif amino acid sequence and protein function. In this research, optimization of magnesium chlorida concentration for amplification of vif in polymerase chain reaction was done. Magnesium chloride acts as polimerase enzyme cofactor needed in polymerase chain reaction. In this experiment, author used DNA template from pNL-43 plasmid, primer (GGCCGGATCCGAATTCATGGAAAACAGATGGCAG and GGCCGGATCC GTTCCATTCATTGTATGGCTC), and Hot Star reagent from Qiagen. The study was designed in duplo and the concentration of magnesium chloride used are 1,5; 1,75; 2; 2,25; 2,5; 2,75; and 3 mM. PCR profile: 35 cycles, early denaturation (94 o C) 15 minutes, denaturation (94o C) during 30 seconds, annealing (61,8 o C) during 30 seconds, extension (72o C) during 45 seconds, and late extension (72 o C) during 10 minutes. PCR product was analyzed with gel electrophoresis polyacrilamide and visualized with ethidium bromide staining and UV exposure by Gel-doc machine. The intensity of DNA bands was measured with densitometry. The band analysis shows that magnesium chloride has an important role in vif amplification in certain range and the optimum concentration is 2 mM. The concentration could be used in next study to get amplification product of vif HIV-1 needed both in vif characterization study and recombinant protein function test.
Key words : HIV, vif, APOBEG3G, polymerase chain reaction, magnesium chloride, pNL43.