Skripsi

Nucleic Acid Amplification of HIV-1 Integrase Sequence Subtypes CRF01_AE and B for Development of HIV AntiIntegrase Drug Resistance Genotyping Assay = Amplifikasi Asam Nukleat Sekuens Integrase HIV-1 Subtipe CRF01_AE dan B untuk Pengembangan Uji Genotip Resistensi Obat AntiIntegrase.

In order to anticipate the potential use of anti-integrase drugs in Indonesia for treatment of HIV-1 infection, the development of a drug resistance genotyping assay for anti-integrase is crucial in identifying the genetic drug resistance profile of Indonesian HIV-1 strains. This experiment was aimed to amplify a target region in the integrase gene of Indonesian HIV-1 subtypes CRF01_AE and B that contain genetic mutations known to confer resistance to anti-integrase drug. Eleven archived plasma samples from individuals living with HIV-1 were obtained from VCPRC FKUI-RSCM laboratory. One of the plasma sample contain HIV-1 subtype B while the remaining plasma samples contain subtype CRF01_AE. The target region for all samples were amplified through RT-PCR, with an annealing temperature of 55°C using the primer pair AE_POL 4086F and AE_POL 5232R that were designed by VCPRC FKUI-RSCM. Based on the results of this experiment, 18.2% (2/11) of the samples were successfully amplified through one-step RT-PCR. The primer pair was effective in the amplifying the target region in integrase gene sequence for subtype B (100%; 1/1) but it has a low efficacy (10%, 1/10) for subtype CRF01_AE. In conclusion, the primer pair can be used to amplify the target region in Indonesian HIV-1 strains subtypes CRF01_AE and B. However, optimization of PCR condition and the use of more samples are required to determine its efficacy accurately.
Keywords: HIV-1, Integrase gene sequence, anti-integrase drug resistance, genotyping assay


Untuk mengantisipasi kemungkinan penggunaan obat anti-integrase sebagai pengobatan infeksi HIV-1 di Indonesia, pengembangan uji resistensi genotipik untuk anti-integrase sangat penting dilakukan untuk mengidentifikasi profil genetik resistensi obat untuk galur HIV-1 di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi daerah sasaran dalam gen integrase yang mengandung mutasi genetik yang diketahui dapat menimbulkan resistensi terhadap obat antiintegrase

dari HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Sebelas sampel plasma dari individu terinfeksi dengan HIV-1 diperoleh dari arsip di PRVKP FKUI-RSCM. Salah satu sampel plasma mengandung HIV-1 subtipe B sedangkan sampel plasma lainnya mengandung subtype CRF01_AE. Daerah sasaran untuk semua sampel telah diamplifikasi melalui RT-PCR, dengan suhu anil 55 ° C menggunakan pasangan primer AE_POL 4086F dan AE_POL 5232R yang telah dirancang oleh VCPRC FKUI -RSCM. Berdasarkan hasil penelitian ini, 18,2% (2/11) dari sampel berhasil diamplifikasi melalui RT-PCR satu langkah. Pasangan primer tersebut efektif untuk mengamplifikasi wilayah sasaran dalam urutan gen integrase untuk subtipe B (100%; 1/1) tetapi memiliki efektivitas yang rendah (10%, 1/10) untuk subtipe CRF01_AE. Primer pasangan dapat digunakan untuk mengamplifikasi wilayah sasaran di HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Namun, optimasi kondisi PCR dan jumlah sampel yang lebih banyak diperlukan untuk menentukan efektivitasnya dengan akurat.
Kata kunci: HIV-1, gen integrase, uji genotip, resistensi obat anti-integrase